Столкнулся вот с чем в свое время: отключили директ по яндексу и сайт покатился из топа вниз. потом пришлось поработать системному чтоб вернуть в позиции.
Иногда наблюдал такое поведение . Но оно говорит, о том, что сайт был недостаточно оптимизирован под продвигаемые ключевые фразы. При использовании, Директ может давать и обратный эффект при поисковой выдаче по запросам, если большое количество отказов по страницам, на которые ведут ссылки из объявлений директа.